Баткенская область находится в Киргизии, в юго-западной части страны; 3/4 её границ являются международными. Область граничит на юге, западе и северо-западе — с Таджикистаном, на севере — с Узбекистаном, на востоке — с Ошской областью. Площадь области составляет 17,0 тыс. кв. км или 8,5 % территории Киргизии.
Баткенская область занимает южную предгорную часть Ферганской долины с передовыми цепями, отрогами и предгорьями Туркестанского хребта и Алайского хребта. В Баткенской области насчитывается более 530 ледников общей площадью более 720 км2 . Они расположены на сев. склонах Алайского (568,1 км2) и Туркестанского хребтов (151 км2 ). На территории области находится и самая низкая точка Киргизии — она расположена на высоте 401 м над уровнем моря.
В области расположено озеро Ай-Кёл — небольшое горное озеро. Находится на северном склоне Туркестанского хребта.
На территории области имеются много численные историко-культурные объекты, известные по письменным источникам. Это остатки древних поселений 1-6 веков нашей эры — Аирбаз, Баткен, Кайра гач, Кара-Камар, Кожо-Бакырган, Обишир, городища 9—16 веков — Булак-Башы, Ис фана, Кара-Булак, остатки крепости кокандских периодов — Кан, Кыштут и архитектурный памятник-мечеть в селе Кайрагач. Кроме этих достопримечательностей южнее села Рабат находится одноимённое поселение древних рудокопов и недалеко от села Самар- Кандык имеется исторический рудник, пещера Кан-и-Гут или так, называемый «Рудник погибели».